Τα εγκαίνια έγιναν το Σάββατο 7 Μαΐου 2016, στις 12 το μεσημέρι, από τον  Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού κ. Αριστείδη Μπαλτά.
Το έργο της επισκευής και επανέκθεσης του μουσείου εκτελέστηκε από τη Διεύθυνση Μελετών και Εκτέλεσης Έργων Μουσείων και Πολιτιστικών Κτηρίων και την Εφορεία Αρχαιοτήτων Δυτικής Αττικής, Πειραιώς και Νήσων στο πλαίσιο της Πράξης «Επισκευή, Διαρρύθμιση και Επανέκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Κυθήρων» για το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Αττική» της Προγραμματικής Περιόδου «ΕΣΠΑ 2007-2013». Η Πράξη συγχρηματοδοτήθηκε από την Ευρωπαϊκή Ένωση (Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο) και από εθνικούς πόρους.
Το Μουσείο, που βρίσκεται στην Χώρα Κυθήρων, φιλοδοξεί να γίνει εφαλτήριο για την γνωριμία του επισκέπτη με τους αρχαιολογικούς χώρους των Κυθήρων και των Αντικυθήρων. Στην έκθεση παρουσιάζονται αρχαιότητες από τα δύο νησιά που καλύπτουν μία χρονική περίοδο από το 5000 π.Χ. έως και τον 3ο αι. μ.Χ. Η αφήγηση αναδεικνύει την πολιτισμική ταυτότητα των νησιών όπως διαμορφώθηκε από τη θέση τους στην πύλη του ελληνικού αρχιπελάγους και στο σταυροδρόμι των θαλάσσιων δρόμων της Ανατολικής Μεσογείου.
Η έκθεση ακολουθεί τις προτάσεις της σύγχρονης μουσειολογίας και αισθητικής, υπηρετεί τον εκπαιδευτικό και ψυχαγωγικό ρόλο του Μουσείου χάρη στο ποικίλο εποπτικό υλικό και την χρήση πολυμέσων.  Για τους μικρούς επισκέπτες και τις οικογένειές τους διατίθενται μουσειοσκευές και εκπαιδευτικός σάκος που μετατρέπουν την περιήγηση σε ένα συναρπαστικό, διασκεδαστικό και ταυτοχρόνως μορφωτικό ταξίδι. Επίσης, η έκθεση είναι σχεδιασμένη ώστε να είναι επισκέψιμη από άτομα με προβλήματα όρασης και από ΑμεΑ.